Ingénieur(e) chercheur en bioinformatique H/F

Description du poste
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Domaine

Sciences du vivant

Contrat

CDD

Intitulé de l'offre

Ingénieur(e) chercheur en bioinformatique H/F

Statut du poste

Cadre

Durée du contrat (en mois)

19

Description de l'offre

Depuis la pandémie de COVID\-19, le CNRGH est également devenu un contributeur clé du consortium Obépine, qui vise à développer des stratégies de surveillance épidémiologique des maladies infectieuses basées sur l’analyse des eaux usées. Initialement centré sur le SARS\-CoV\-2, le projet Obépine cible désormais l’émergence d’un large éventail de pathogènes.

Dans ce contexte, nous recherchons un(e) ingénieur(e) chercheur ou un(e) postdoctorant(e) afin de réaliser l’analyse bioinformatique, l’interprétation des données de séquençage à haut débit issues d’échantillons d’eaux usées, ainsi que la mise en œuvre d’approches innovantes en génomique virale.

Le/la candidat(e) devra :

• Mettre en œuvre et optimiser des pipelines bioinformatiques pour l’analyse de génomes viraux issus d’échantillons environnementaux complexes, conformément aux bonnes pratiques et aux recommandations de la communauté scientifique.


• Traiter et analyser des données provenant de multiples plateformes de séquençage, notamment Oxford Nanopore Technologies, Illumina, Element Biosciences et PacBio, générées par des approches d'enrichissement ciblé et/ou de métagénomique.


• Contribuer au développement de cadres analytiques robustes pour la surveillance des pathogènes dans les eaux usées. Cela inclut la reconstruction de génomes viraux, l’analyse de variants, l’assignation d’haplotypes et l’interprétation de données métagénomiques provenant d’échantillons hétérogènes et bruités.


• Collaborer étroitement avec les scientifiques expérimentateurs afin d’intégrer la conception expérimentale et l’analyse bioinformatique, de fournir des solutions de reporting aux équipes expérimentales et de soutenir le développement d’approches innovantes et fiables pour la surveillance des pathogènes dans les eaux usées.


• Contribuer à la valorisation scientifique des travaux à travers des présentations en congrès, des publications scientifiques et une documentation rigoureuse des développements bioinformatiques réalisés.

Profil du candidat

Le/La candidat(e) doit être titulaire d’un doctorat ou d’un diplôme d’ingénieur en bioinformatique, biologie computationnelle, mathématiques appliquées ou dans un domaine connexe. Une solide expérience dans un ou plusieurs des langages suivants est attendue : Python, C, C\+\+, R ou bash. Le/La candidat(e) doit également justifier d’une expérience confirmée en analyse de données de séquençage nouvelle génération, en métagénomique et/ou en génomique virale, ainsi que de bonnes compétences en développement de pipelines bioinformatiques (alignement de séquences, assemblage génomique, détection de variants, approches métagénomiques, etc.). Une expérience en virologie, génomique environnementale, statistiques ou phylogénie constituerait un atout majeur, de même qu’une expérience préalable sur des clusters de calcul haute performance.

Le poste requiert une bonne capacité à travailler efficacement dans un environnement multidisciplinaire, ainsi qu’un esprit analytique, de la rigueur scientifique, de l’autonomie et de bonnes capacités d’organisation. Un fort intérêt pour la veille scientifique et technologique est également attendu. Une bonne maîtrise du français et de l’anglais, à l’écrit comme à l’oral, est indispensable.

Candidature

Il s’agit d’un poste de 19 mois, disponible à partir de septembre 2026\. Les candidat(e)s sont invité(e)s à envoyer un CV, une lettre de motivation ainsi que les coordonnées de deux références à l’adresse suivante : gerber@cnrgh.fr.

Localisation du poste
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Site

Fontenay\-aux\-Roses

Localisation du poste

France, Ile\-de\-France

Ville

EVRY
Critères candidat
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Formation recommandée

Doctorat ou ingénieur

Demandeur
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Disponibilité du poste

01/09/2026

Informations générales
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Entité de rattachement

Le CEA est un acteur majeur de la recherche, au service des citoyens, de l'économie et de l'Etat.

Il apporte des solutions concrètes à leurs besoins dans quatre domaines principaux : transition énergétique, transition numérique, technologies pour la médecine du futur, défense et sécurité sur un socle de recherche fondamentale. Le CEA s'engage depuis plus de 75 ans au service de la souveraineté scientifique, technologique et industrielle de la France et de l'Europe pour un présent et un avenir mieux maîtrisés et plus sûrs.

Implanté au cœur des territoires équipés de très grandes infrastructures de recherche, le CEA dispose d'un large éventail de partenaires académiques et industriels en France, en Europe et à l'international.

Les 20 000 collaboratrices et collaborateurs du CEA partagent trois valeurs fondamentales :

• La conscience des responsabilités


• La coopération


• La curiosité

Référence

2026\-40640

Description de la Direction

La Direction de la Recherche Fondamentale (DRF) du CEA réunit plus de 5000 personnes sur quatre sites et mène des recherches en sciences physiques, chimiques, biologiques et environnementales, en utilisant des technologies de pointe.

Description de l'unité

L'institut JACOB regroupe plusieurs départements dont le Genoscope et le Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH) situés à Evry. Ces départements mènent des projets de recherche propres et produisent des données de séquençage à haut\-débit pour des projets collaboratifs hautement compétitifs.

Le CNRGH qui fait partie de cet institut est le centre national de recherche français qui permet de répondre aux questions scientifiques nécessitant des besoins de séquençage et de génotypage à haut débit grâce au développement et à la mise en œuvre de technologies innovantes et intégrées. L'organisation du CNRGH permet d'optimiser la recherche en génétique et en génomique des maladies humaines, en créant les liens indispensables entre la constitution des cohortes (échantillons d'ADN), l'identification des gènes responsables, l'étude du transcriptome et de l'épigénome.

Le CNRGH est implanté à Evry (91\), 30 km au sud de Paris.

Cette annonce provient de indeed. Voir l'annonce originale ↗