Ingénieur de recherche : outils d'analyse de données microbiennes en santé des plantes.
Type de contrat : CDD
Niveau de diplôme exigé : Bac \+ 5 ou équivalent
Fonction : Ingénieur scientifique contractuel
Niveau d'expérience souhaité : Jeune diplômé
A propos du centre ou de la direction fonctionnelle
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Le centre Inria de l’université de Bordeaux est un des neuf centres d’Inria en France et compte une vingtaine d’équipes de recherche. Le centre Inria est un acteur majeur et reconnu dans le domaine des sciences numériques. Il est au cœur d'un riche écosystème de R\&D et d’innovation : PME fortement innovantes, grands groupes industriels, pôles de compétitivité, acteurs de la recherche et de l’enseignement supérieur, laboratoires d'excellence, institut de recherche technologique…
Contexte et atouts du poste
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Dans le cadre du projet GETUP (projet Parsada porté par Corinne Vacher, UMR SAVE, INRAE) nous recrutons un ou une ingénieure de recherche pour développer des pipelines d'analyse de données microbiennes en santé des plantes.
La personne recrutée aura 3 objectifs principaux: 1\) elle développera des biomarqueurs de santé des communautés microbiennes de la vigne. Pour cela, elle poursuivra des recherches déjà initiées dans l'équipe, en se centrant sur la sélection de micro\-organismes sentinelles. 2\) elle construira des pipelines d'analyse de données de suivi de populations microbiennes automatisant le suivi de ces biomarqueurs, en ajoutant des méthodes de sélection de variable. Ces méthodes seront validées sur des données simulées et réelles. 3\) elle produire une interface (de type Shiny ou jupyter notebook) mettant en forme ces résultats de façon à faciliter un diagnostic de santé des communautés microbiennes.
Mission confiée
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Missions :
Avec l'aide de l'équipe Pléiade, la personne recrutée sera amenée à poursuivre le développement d'outils d'analyse de données omiques, basées sur des techniques de réduction de dimension (NMF, NMF couplée). Un objectif fort est l'obtention in fine d'interfaces utilisables par des utilisateurs externes et l'automatisation de la production de graphique servant de tableau de bord pour l'analyse de données microbiennes.
Collaboration :
La personne recrutée sera en lien avec les membres du projet GETUP, en particulier avec les membres de l'équipe d'écologie microbienne de l'UMR SAVE (INRAE).
Responsabilités :
La personne recrutée a la charge du développement informatique des interfaces et prendra des initiatives pour assurer l'accessibilité des outils développés.
Principales activités
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Principales activés (5 maximum) :
- développement d'outils de réduction de dimension basé sur la NMF
- automatisation des pipelines d'analyse
- développement d'une interface (type shiny ou jupyter) produisant des graphiques (tableau de bord) synthétisant l'analyse de données microbiennes.
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Compétences techniques et niveau requis
- des compétences en statistiques grandes dimension, méthodes de réduction de dimension et data sciences sont nécessaires (niveau M2\).
- programmation (python ou R).
- Français
- Parler anglais est un plus
Compétences relationnelles
- A l'écoute, curieux ou curieuse, dynamique.
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- Restauration subventionnée
- Transports publics remboursés partiellement
- Congés: 7 semaines de congés annuels \+ 10 jours de RTT (base temps plein) \+ possibilité d'autorisations d'absence exceptionnelle (ex : enfants malades, déménagement)
- Possibilité de télétravail et aménagement du temps de travail
- Équipements professionnels à disposition (visioconférence, prêts de matériels informatiques, etc.)
- Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des œuvres sociales d'Inria)
- Accès à la formation professionnelle
- Sécurité sociale
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Le salaire mensuel sera entre 2692€ brut et 3085€ brut (selon l'expérience)
Informations générales
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- Thème/Domaine : Biologie numérique
- Ville : Talence
- Centre Inria : Centre Inria de l'université de Bordeaux
- Date de prise de fonction souhaitée : 2026\-11\-01
- Durée de contrat : 12 mois
- Date limite pour postuler : 2026\-10\-31
Consignes pour postuler
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Si vous êtes intéressés par cette offre, merci de bien vouloir candidater via le site jobs.inria avec les documents suivants :
- cv
- lettre de motivation
Ce poste est susceptible d’être affecté dans une zone à régime restrictif (ZRR), telle que définie dans le décret n°2011\-1425 relatif à la protection du potentiel scientifique et technique de la nation (PPST). L’autorisation d’accès à une zone est délivrée par le chef d’établissement, après avis ministériel favorable, tel que défini dans l’arrêté du 03 juillet 2012, relatif à la PPST. Un avis ministériel défavorable pour un poste affecté dans une ZRR aurait pour conséquence l’annulation du recrutement.
Politique de recrutement :
Dans le cadre de sa politique diversité, tous les postes Inria sont accessibles aux personnes en situation de handicap.
Contacts
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- Équipe Inria : PLEIADE
- Recruteur :
L'essentiel pour réussir
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La personne recrutée aura un bagage solide en data science ainsi que des compétences avérées en programmation (python ou R). Une première expérience de développement de pipeline serait appréciée sans être indispensable.
En forte interaction avec des collègues écologues microbiens, la personne recrutée devra faire preuve de pédagogie et être à l'écoute des remarques qui lui sont faites.
Se sentir à l'aise dans un environnement de dynamique scientifique, aimer apprendre et écouter sont des qualités essentielles pour réussir cette mission
A propos d'Inria
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Inria, l'institut national de recherche dans les sciences et technologies du numérique, est en appui de l’État pour les stratégies nationales de recherche et d’innovation du numérique en tant qu'Agence de programmes. Inria mène plus de 300 projets de recherche et d’innovation avec ses 3500 scientifiques, ingénieurs et personnels d’appui, en partenariat avec les universités et l’écosystème numérique (entreprises, entrepreneurs, acteurs publics). Ensemble, nous explorons des domaines clés comme l'intelligence artificielle, la cybersécurité, l’informatique quantique, le Cloud, la transformation numérique de la santé, les jumeaux numériques ou encore les technologies numériques pour la défense. Nous construisons des solutions concrètes telles que des logiciels, des startups technologiques, des partenariats avec les entreprises du tissu national et des formations de pointe. Notre objectif : l’impact scientifique, technologique et industriel au service de la souveraineté numérique de la France.
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