CDD Ingénieur (H/F) de recherche
L'offre en un coup d'oeil
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L'unité
Biologie cellulaire physiologique et pathologique
Type de Contrat
IT en contrat CDD
Temps de Travail
Complet
Lieu de Travail
75724 PARIS 15
Durée du contrat
8 mois
Date d'Embauche
01/01/2027
Rémuneration
comprise entre 3 237,95€ et 3754,78€ bruts mensuel
Date limite de candidature : lundi 28 septembre 2026 23:59
Description du Poste
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Les Missions
Sous la responsabilité de l’équipe de recherche et développement de la plateforme d’imagerie photonique UTechS Photonic Bio Imaging (PBI) de l’Institut Pasteur, l’ingénieur/e participera au transfert vers le service de la plateforme du workflow SCALE (Spatial Cleared\-tissue Affordable Multiplexed Expression mapping), financé par France\-BioImaging dans le cadre de l’appel à projets Tech Transfer to Core Facilities 2026\.
L’objectif principal est de transformer les développements méthodologiques actuels en un service ouvert et standardisé de transcriptomique spatiale pour tissus 3D épais. Le/La candidat/e sera chargé/e de consolider les protocoles de clearing, d’hybridation in situ (smFISH, HCR multispectral, AutoFISH séquentiel), d’acquisition sur microscopes confocaux/spinning disk existants, et d’analyse des données. Un volet important consistera à établir les procédures opératoires standard (SOP), les critères de contrôle qualité et la documentation utilisateur, ainsi qu’à initier l’ouverture du service à une cohorte d’utilisateurs pilotes.
L'Activité
- Standardisation du workflow SCALE : optimisation et documentation des protocoles de fixation, d’inclusion dans un hydrogel, de clearing et d’hybridation in situ pour des échantillons épais (organes sur puce, cerveaux de zebrafish en whole\-mount, coupes de tissus).
- Contrôle qualité et benchmark : définition de critères d’acceptation des échantillons, de seuils de signal/bruit et de protocoles de validation des rounds d’hybridation.
- Documentation et transfert : rédaction des SOP, des protocoles utilisateurs et des supports de formation ; participation à la montée en compétences des agents permanents de la plateforme PBI (train\-the\-trainer).
- Relation avec les utilisateurs : collecte des retours d’expérience, ajustement des délais et des procédures de prestation.
- Veille et diffusion : participation au groupe de travail FBI Multiplexed Imaging et préparation d’un atelier de présentation du service (ex. MIFOBIO 2027\).
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Compétences
- Bonne connaissance de la microscopie optique (confocale, spinning disk, imagerie de fluorescence).
- Expérience en biologie moléculaire et/ou en hybridation in situ (FISH, smFISH, HCR, FISH séquentiel) appréciée.
- Connaissances en analyse d’images et/ou en utilisation de logiciels de bio\-imagerie (ImageJ/Fiji, napari, etc.) (un plus)
- Notions en microfluidique, en automatisation d’acquisition ou en programmation de microscopes (un plus).
- Curiosité scientifique et intérêt pour la biologie des tissus et l’imagerie quantitative.
- Capacité à travailler en équipe dans un environnement multiculturel et multidisciplinaire.
- Autonomie, rigueur, sens de l’organisation et aptitude à documenter les procédures.
- Bonne communication en anglais scientifique (oral et écrit).
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Le poste est localisé au sein de la plateforme Photonic Bio Imaging (PBI) de l'Institut Pasteur, dirigée par Florian Muller (https://research.pasteur.fr/en/team/photonic\-bio\-imaging\-utechs\-pbi/).
Le/La candidat/e travaillera en étroite collaboration avec l'équipe R\&D du PBI, les partenaires biologistes de l'Institut Pasteur et le réseau FBI.
La personne recrutée sera sous la responsabilité de Monsieur Florian Muller
Rémunération et avantages
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Rémunération
comprise entre 3 237,95€ et 3754,78€ bruts mensuel
Congés et RTT annuels
44 jours
Pratique et Indemnisation du TT
Pratique et indemnisation du TT
Transport
Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€
À propos de l’offre
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Référence de l’offre UMR3691\-ZAEMAR\-007
Secteur d’activité Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type Ingenieur biologiste en analyse de donnees (H/F)
Expérience souhaitée 5 à 10 années
À propos du CNRS
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Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi\-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.
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